6.01 Zod - Зод (эфир 28 сентября 2006) КЛАРК ЗАХВАЧЕН В ФАНТОМНОЙ ЗОНЕ, В ТО ВРЕМЯ КАК ЗОД ЗАХВАТЫВАЕТ ТЕЛО ЛЕКСА И ПЛАНИРУЕТ УНИЧТОЖИТЬ ЗЕМЛЮ. ДЖИММИ ОЛСЕН ПРИСОЕДИНЯЕТСЯ К ДЕЙЛИ ПЛЕНЕТ. Оказавшись в фантомной зоне, криптонической тюрьме созданной Джор-Элом, Кларк понимает, что он потерял свою силу и находится в окружении ждущих мщения преступников, которые были сосланы сюда его отцом. Зод, завладев телом Лекса, держит Лану в плену с требованием, чтобы она родила ему наследника и начинает план по превращению Земли в планету подобную Криптону, используя космический корабль. Самолет Лоис и Марты терпит крушение возле Крепости Одиночества. Джор-Эл сообщает Марте как убить Зода. Хлоя, вернувшись в Дейли Пленет, встречает свою старую любовь – Джимми Олсена.
6.02 Sneeze - Чихание (эфир 5 октября 2006) У КЛАРКА ПОЯВЛЯЕТСЯ НОВАЯ СУПЕРСИЛА – Кларк усердное работает над устранением разрушений сделанных Зодом. Он думает, что он впервые заболел, но скоро открывает в себе новую силу – супер дыхание! Лоис начинает работать в Инквизитор, местной бульварной газете, и Лана переезжает к Лексу, которому кажется, что за ним кто-то следит, и скора это подтверждается, его похищают.
6.03 Wither - Угасание (эфир 12 октября 2006 ) «THE ALL-AMERICAN REJECTS» ПРИНИМАЕТ УЧАСТИЕ В КОСТЮМИРОВАНОМ БАЛЕ ЛЕКСА - Лекс чувствует вину за причиненные им разрушения, в то время когда он был Зодом. Лекс проводит благотворительный костюмированный балл для города и приглашает группу «All-American Reject». Кларк и Хлоя преследуют создание, которое использует тела мужчин для производства потомства. Охота усиливается после похищения Джимми Олсена. Лоис неохотно соглашается пойти на свидание с Оливером Квином на бал.
6.04 Arrow - Стрела (эфир 19 октября 2006) КЛАРК РАСКРЫВАЕТ ЛИЧНОСТЬ ЗЕЛЕНОЙ СТРЕЛЫ - Во время проведения благотворительного мероприятия Лоис становится свидетелем того, как Зеленая Стрела крадет редкое бриллиантовое украшение Марты. Она обещает найти того, кто скрывается под маской. Кларк начинает свое расследование и раскрывает, что Оливер Квин – Зеленая Стрела, который крадет у богатых и отдает бедным. Тем временем Лекс проверяет Лану на верность с помощью Лайнела.
6.05 Reunion - Воссоеденение (эфир 26 октября 2006) ФЛЕШБЕК РАСКРЫВАЕТ ПРИЧИНУ НЕНАВИСТИ ОЛИВЕРА К ЛЕКСУ – В детстве Лекс и Оливер ходили в одну частную школу, где Оливер и его друзья издевались над Лексом и его другом Дунканом. Лекс неожиданно меняет свое отношение к Дункану, чтобы получить их одобрение, вынуждая Дункана спрыгнуть с крыши. Лекс и Оливер возвращаются в школу на встречу выпускников, и они напуганы, когда давние приятели Оливера жестоко убиты, и все указывает на то, что Дункан совершил преступление. Тем временем, Кларк видит спутниковые фотографии, и предполагает, что еще четыре кратера появились в тот день, когда он покинул Фантомную Зону, и это заставляет его поверить в то, что он вернулся не один.
6.06 Fallout – Радиоактивные осадки (эфир 2 ноября 2006) БАУ УАУ ПРИГЛАШЕННАЯ ЗВЕЗДА В РОЛИ УБИЙЦЫ ИЗ ФАНТОМНОЙ ЗОНЫ – Кларк шокирован, узнав, что Райа удалось убежать из Фантомной Зоны и она появляется в Смолвиле, чтобы увидеть его. Они становятся ближе друг другу, и Райа показывает Кларку, как восстановить силу Крепости Одиночества. Байрн - убийца, который также бежал из Фантомной Зоны, нападает на Райа и Кларка, это возмездие за его заключение.
6.07 Rage - Ярость (эфир 9 ноября 2006) ЗЕЛЕНАЯ СТРЕЛА ВВОДИТ СЕБЕ СУПЕРНАРКОТИК И СТАНОВИТСЯ НЕУЯЗВИВЫМ – Кларк узнает, что Зеленая Стрела был ранен, когда пытался спасти парочку от угона автомобиля, но Оливер отказывается признаться в том, что ранен. Однако когда Оливер начинает вести себя странно, Кларк и Хлоя проводят расследование и выясняют, что он принял супернаркотик, и его тело исцеляет себя, но имеются побочные действия. Тем временем Лана узнает шокирующую информацию, которая может повлиять на их с Лексом отношения.
6.08 Static - Помеха (эфир 16 ноября 2006) ПРИГЛАШЕННАЯ ЗВЕЗДА БАТИСТА ("FRIDAY NIGHT SMACKDOWN") – Кларк узнает, что Зонер высаживается в Сиэтле и убивает весь экипаж корабля. Во время расследования Кларк встречается лицом к лицу, с ужасающим Фантомом, который высасывает людей до скелета. Тем временем пациент c способностью меняться с различной частотой исчезает из секретной экспериментальной лаборатории ЛютерКорп и разыскивает Лекса, чтобы ему отомстить, помещая его в параллельное измерение, где он может видеть и слышать всех, но никто его не может увидеть.
6.09 Subterranean - Секретный (эфир 7 декабря 2006) ПОСЛЕДНИЙ ЭМИГРАНТ – Кларк шокирован узнав, что его сосед Джед МакНелли держит эмигрантов и заставляет их работать на ферме. Чувствую вину, Кларк просит помощи у Марты позволить молодому мальчику и его матери остаться в стране.
6.10 Hydro - Вода (эфир 11 января 2007) ПРИГЛАШЕННАЯ ЗВЕЗДА ТОРИ СПЕЛЛИНГ ("BEVERLY HILLS 90210") И ТОМ УЕЛЛИНГ РЕЖИССЕР – Лана откровенничает с Хлоей, и рассказывает ей о помолвке с Лексом. Линда Лейк, журналистка из Дейли Пленет, подробно публикует разговор между Ланой и Хлоей. Хлоя начинает расследование, чтобы оправдать себя. Она узнает, что Линда может превращаться в воду, и потом использует подслушанную информацию для своей колонки. Тем временем Лоис начинает подозревать Оливера в том, что он Зеленая Стрела, и просит помощи Кларка, чтобы это доказать.
6.11 Justice - Справедливость (эфир 18 января 2007) ЗЕЛЕНАЯ СТРЕЛА ПРИЗЫВАЕТ ФЛЕША, АКВАМЕНА И КИБОРГА ДЛЯ СОЗДАНИЯ ЛИГИ СУПЕРГЕРОЕВ – Зеленая Стрела вызывает Барта Алана (Флеш), Аквамена и Киборга вернуться в Смолвиль и помочь ему проникнуть в секретную лабораторию ЛютерКорп. Во время проникновения в лабораторию Барт пойман, и его начинает пытать Лекс. Кларк спешит ему на помощь, но его останавливает метеоритный осколок. Обеспокоенная Хлоя отправляется на помощь Оливеру, и только что созданная «лига справедливости» начинает действовать, чтобы спасти Кларка и Барта.
6.12 Labyrinth - Лабиринт (эфир 25 января 2007) ГЕРОЙ ИЗ DC COMICS МАРТИН МЕНХАНТЕР ПРИХОДИТ НА ПОМОЩЬ КЛАРКУ – На Кларка нападают и он приходит в себя в психиатрическом отделении, где доктор Хадсон сообщает ему, что он провел там 5 лет, из-за того, что мнит себя пришельцем с суперсилой . В новом мире Марта замужем за Лайнелом Лютером, Хлоя считается сумасшедшей, а Лана выбрала Кларка вместо Лекса. Лана умоляет Кларка согласится на лечению доктора Хадсона, и тогда они смогут быть вместе, но когда пациент по имени Джон, он же Мартин Менхантер, говорит ему, что доктор на самом деле фантом, и он должен убить его, чтобы вернутся к реальности, Кларк должен принять самое трудное решение в его жизни.
6.13 Crimson – Темно-красный (эфир 1 февраля 2007) КРАСНЫЙ КРИПТОНИТ ВЕРНУЛСЯ И «ПЛОХОЙ КЛАРК» ЦЕЛУЕТ ЛОИС И ЛАНУ – После того как Лоис использует помаду на основе красного криптонита, она становится одержимой страстью к Кларку. Они целуются, и красный криптонит начинает действовать на Кларка, превращая его в «плохого Кларка». Кларк решает нарушить свадебный обед Лекса и Ланы, и он похищает невесту.
6.14 Trespass - Злоупотребление (эфир 8 февраля 2007) ДЖИММИ РАЗРЫВАЕТ ОТНОШЕНИЯ С ХЛОЕЙ, А ЛАНУ ПРЕСЛЕДУЮТ – Лана получает фотографию, на которой она переодевается в своей комнате. Она понимает, что за ней следят, и решает спрятаться в неожиданном месте. Тем временем Джимми решает расстаться с Хлоей, потому что он верит, что у нее с Кларком еще не все кончено, и убеждает ее разобраться в чувствах по отношению к своему лучшему другу.
6.15 Freak - Фрик (эфир 15 февраля 2007) РЕЖИССЕРСКИЙ ДЕБЮТ МАЙКЛА РОЗЕНБАУМА - Кларк и Хлоя узнают, что Тобиас (приглашенная звезда Грейстон Холт), парень ослепший в результате метеоритного дождя, теперь обладает способностью определять людей зараженных метеоритом. Лекс использует его, чтобы обнаружить этих людей, и ставить на них эксперименты. Лана раскрывает дар Тобиаса, и она боится, что он назовет имя Кларка, как одного из зараженных. Лана предлагает ему трансплантировать роговицу глаза в обмен на его молчание. Но она не готова услышать шокирующие подробности от Тобиаса.
6.16 Promise - Обещание (эфир 15 марта 2007) СВАДЬБА ЛЕКСА И ЛАНЫ - В день свадьбы Лекса и Ланы, Лекс получает сообщение от Доктора Ленгстона, который угрожает Лексу рассказать Лане правду о ее ребенке. Лана задумывается о свадьбе с Лексом. Кларк приходит к выводу, что не может позволить Лане выйте замуж за Лекса, и решает рассказать ей свой секрет. Никто не готов был к происходящему, когда появился Лайнел Лютер...
6.17 Combat - Битва (эфир 22 марта 2007) ЗВЕЗДЫ МИРОВОГО РЕСТЛИНГА КЕЙН И ЭШЛИ ПРОТИВ КЛАРКА И ЛОИС - Кларк и Хлоя узнают, что Титан, звезда тайного бойцовского клуба, который транслирует кровавые смертельный битвы в Интернет. Лоис чувствует сенсацию и решает сама расследовать дело, но ее поймали и она должна сразиться с Афиной. Кларк демонстрирует свои силы, и поэтому он может сразиться с Титаном, он шокирован увидев Лоис на ринге.
6.18 Progeny - Потомок (эфир 12 апреля 2007) ПРИГЛАШЕННАЯ ЗВЕЗДА ЛИНДА КАРТЕР («ЧУДО ЖЕНЩИНА») - После того как Лекс находит мать Хлои Мойру, у которой есть способности, чтобы контролировать метеоритных фриков, он открывает лекарство, чтобы вывести ее из состояния в котором она пребывает в психиатрической больнице. Потом Лекс угрожает убить Хлою, если Мойра не использует свои силы, чтобы помочь ему. Кларк помогает Хлое проникнуть в больницу, чтобы спасть Мойру, где наконец она встречается с матерью.
6.19 Nemesis - Судьба (эфир 19 апреля 2007) КЛАРК И ЛЕКС В ЛОВУШКЕ В ШАХТЕ С КРИПТОНИТОМ – После того как Джоди, жена солдата специального назначения, запускает бомбу в одной из секретных лабораторий Лекса, Лайнел тяжело ранен, а Лекс взят в заложники. Обвиняя Лекса в похищении ее мужа, Джоди угрожает взорвать лаборатория с Лексом внутри, если тот не расскажет где ее муж. Кларк приходит на помощь Лексу, но его мгновенно останавливают криптонитовые стены. Лекс и Кларк понимают, что у них есть только один способ, чтобы остаться в живых -помочь друг другу.
6.20 Noir - Нуар (эфир 3 мая 2007) ДЖИММИ ПРЕДСТАВЛЯЕТ ЖИЗНЬ В СМОЛВИЛЕ В 1940-ых – После тайной встречи с Лайнелом, в Лану стреляет неизвестный в «Дейли Пленет». Джимми тщательно изучает фотографии с места преступления, и ему снится сон о Смолвиле в 1940-ые года, где Лана роковая женщина, спланировавшая убийство своего мужа промышленного магната, Лекса. Кларк работает репортером в «Дейли Пленет», Лоис знойная певица в баре принадлежащем Лайнелу. Тем временем в 2007, Кларк узнает, почему Лана вышла замуж за Лекса.
6.21 Prototype - Протип (эфир 10 мая 2007) ЛЕКС ПЫТАЕТСЯ ПОСТРОИТЬ АРМИЮ СУПЕРСОЛДАТ – Лекс пытается превратить Уеса Кинана, солдата который якобы умер сражаясь в Афганистане, в суперсолдата, путем введения ему ДНК от различных метеоритных фриков. После того как лживый сенатор угрожает раскрыть секретые лаборатории Лекса, он направляет Уеса убить сенатора, но Лоис становится свидетельницей этого, и теперь она новая мишень суперсолдата.
6.22 Phantom - Фантом (эфир 17 мая 2007) Лана бросает горе-мужа Лекса. Кларк пытается отомстить Лайонелу за подстроенную свадьбу Ланы и его сына. Лекс, не смотря на семейное горе, по-прежнему не оставляет надежды отыскать всех беглецов из Зоны Фантома и создать из их ДНК супер-солдата. Лоис отправляется на поиски секретной лаборатории Лекса, но находит, как всегда, проблемы на свою попу. Ее ранение смертельное, но рядом оказывается Хлоя, у которой внезапно открывается исцеляющий дар с побочными последствиями.
